호흡곤란, 운동 능력 감소, 저산소증이 가장 흔하게 지속되는 호흡기계 증상이다. 영국에서 384명의 COVID-19 환자를 2개월 동안 관찰한 결과 53% 환자에서 지속되는 호흡곤란, 34%에서 기침이 남아 있었고, 단 27%만이 흉부 X-ray에서 호전을 보였다고 하였다[10]. 6개월 후 흉부 전산화단층촬영법 (CT) 검사 결과 349명 중 50%에서 이상 소견을 보였다는 연구 결과도 있다[11]. 생리학적으로는 확산능(diffusion capacity) 감소가 급성 후 가장 흔히 보고되는 COVID-19 장기 후유증으로, 직접적으로 급성기의 중증도와 연관이 있다. 영국흉부학회에서는 중증 폐렴 환자의 퇴원 후 첫 12주 동안의 환자 평가에 대한 알고리즘을 권장한 바 있으며, 권장안에서는 12주째 환자에 대한 임상적 평가와 흉부 X-ray, 폐기능 검사, 폐색전증에 대한 추적, 흉부 CT, 산소 포화도 평가를 위한 운동 검사, 가래 검사, 심장 초음파를 권고하였다[12]. 스테로이드가 도움이 된다는 연구가 있으나 폐기능 향상이나 흉부 사진 호전과는 관련이 없다는 결과도 있으며 섬유화 폐에 대해 폐이식을 하기도 한다[13,14].

파종혈관내응고의 소모성 응고증과는 달리 고염증과 과응고 상태로 설명한다. 대규모 연구가 많지는 않지만 163명을 대상으로 한 연구에서는 COVID-19 환자 퇴원 후 30일째에 2.5%에서 혈전, 3.7%에서 출혈이 누적 발생하였다[15]. D-dimer 증가와 암이나 거동 불가 등 환자의 기저 요소가 혈전의 위험인자였다[16]. 명확한 근거는 없지만 위험-효과를 고려하여 고위험군에서 항응고제를 예방요법으로 고려하기도 한다.

심혈관 장기 합병증으로 심장 대사 요구율 증가, 심근 섬유화, 부정맥, 빈맥, 자율 이상 등이 있다. COVID-19 이후 두근거림, 호흡곤란, 흉통 등을 호소할 수 있으며, 한 연구에서는 COVID-19 환자 60일째 추적에서 약 20%에서 흉통이 확인되었다[17]. 대유행 이전과 비교하여 대유행 기간 동안 스트레스성 심근병증, 심근염이 증가되었다(7.8% 대 1.5-1.8%)는 보고도 있다[18]. 바이러스 침입이 직접적으로 영향을 미칠 뿐 아니라 ACE2의 조절, 염증과 면역학적 반응이 심근과 심낭의 구조와 전도시스템에 영향을 미칠 수 있다. SARS에서 회복된 환자들을 장기적으로 추적한 결과 심장 대사 요구가 증가되었다는 보고가 있으며, 이는 심근 예비율 감소나 스테로이드 사용, 레닌-안지오텐신-알도스테론의 조절 장애와 연관이 있을 수 있다[19]. 급성기 동안 심혈관 합병증이 있거나 지속적인 심장 증상이 있는 환자에서 정기적 임상 평가 및 심전도나 심장 초음파를 4-12주에 고려할 수 있다[20]. 증상과 질환에 따라 기존 가이드라인에 맞는 검사와 약제를 선택한다.

SARS와 마찬가지로 COVID-19 회복 후에 만성 쇠약, 우울, 불면 등을 호소할 수 있다[21]. 인지 장애로 집중력이나 기억력 감퇴, 언어 문제 등이 나타나기도 한다. 한 연구에서는 COVID-19 입원 후 1개월째에 약 56% 환자에서 외상 후스트레스 장애, 우울, 불안, 불면 등의 정신과적 후유증을 호소했다는 보고가 있다[22]. 또 다른 연구에서는 COVID-19 환자를 급성기 이후 6개월까지 추적 시 25%의 환자에서 정신과적인 합병증이 있었다[11]. 62,354명의 대규모 연구에서는 14일에서 90일 사이에 18.1%에서 정신과적 증상이 새롭게 생기거나 재발한다고 하였다[23]. 병태생리는 직접적인 바이러스 감염, 전신염증, 신경염증, 미세혈관 혈전증 및 신경 퇴화 등 복합적이다. 신경학적 합병증에 대해 영상 평가와 표준 치료를 할 수 있으며 필요 시 전문가에게 의뢰한다.

COVID-19 환자에서 당뇨성 케토병증, 아급성 갑상선염 등이 보고되기도 하였으며 잠재적으로 있던 자가면역성을 증진시켜 하시모토 갑상선염, 그레이브스병이 새롭게 생기기도 한다[24,25]. 바이러스에 의한 직접 영향, 면역, 염증 반응뿐 아니라 약제 사용과 같은 외인성 원인이 복합적으로 작용하여 발생한다. 전형적인 위험인자는 없으나 새롭게 진단된 당뇨, 시상하부-뇌하수체-부신 축 억제, 갑상선 기능 항진증이 의심되는 경우 적절한 검사를 받고 전문가에게 의뢰한다. 진단과 치료는 기존 지침에 따른다.

인공호흡기를 필요로 하는 COVID-19 중증 입원 환자의 20-31%, 모든 입원 환자의 5%에서 투석을 필요로 하는 중증 급성 신장 손상이 발생한다[26,27]. 한 연구에서는 급성기 이후 6개월째에 환자의 35%에서 사구체 여과율이 감소하였고, 급성기에 정상이었다가 13%에서 새롭게 감소가 발생하였다고 보고하였다[11]. COVID-19 관련 신장병증 (COVID-19-associated nephropathy)은 국소 분할 사구체 경화증의 변형과 급성 튜브 손상, 사구체 퇴화로 설명되며, 이는 인터페론과 사이토카인 활성화에 반응하여 나타난다[28]. 퇴원 후 투석이 필요한 경우는 별로 없으며, 신장 기능이 회복이 되는지 추적이 필요하다.

중요한 소화기계, 간담도계 합병증은 보고된 바 없으나 인플루엔자나 다른 호흡기 바이러스 감염에서 알려진 바와 같이 COVID-19가 장관 마이크로비옴을 변화시킬 가능성이 있다[29]. COVID-19 감염 후 과민성 대장 증후군과 소화 불량에 대해 연구가 진행되고 있다.

716명을 대상으로 한 연구에서 COVID-19 이후 피부과적 합병증은 급성기 증상과 동시에 15%, 급성기 이후 64%까지 보고되었다[30]. 상기도 증상 이후 피부 증상까지 7.9일이 걸렸으며, 약 3%의 환자가 6개월까지 피부 발진이 지속되었다[11]. 가장 주된 피부과 질환은 탈모로 약 20%에서 보고되며 바이러스 감염이나 스트레스로 인한 텔로젠 유출(telogen effluvim)로 설명한다[11].