공기 전파가 가능한 감염병의 전파를 예방하기 위한 공기주의는 다양한 시설적인 요건과 의료진들의 숙달된 개인 보호구 착용을 필요로 한다. 해당 환자는 1인실에 격리하는 데 병실은 주위 공간에 비하여 음압이 걸리도록 하고 압력차는 계측이 되어 모니터되어야 한다[4]. 압력차는 2.5 Pa 이상을 권고하는데 이 정도 압력차를 유지하더라도 병실 문을 열고 의료진이 출입할 때에는 이 압력차가 감소하며 공기의 흐름으로 인하여 병실 안의 결핵균과 같이 공기 전파가 가능한 미생물이 병실 밖으로 빠져나올 수 있다. 따라서 이를 예방하기 위하여 음압 격리 병실과 복도 사이에는 전실(anteroom)을 확보함으로써 이 공간이 병실과 복도 사이에서 버퍼 역할을 할 수 있게 한다. 전실과 복도 사이에도 2.5 Pa 이상의 음압이 유지되도록 한다. 압력차를 유지하는 것이 병실 밖의 오염에 의하여 다른 환자나 의료진이 감염되는 것을 막고자 하는 것이라면 병실 안에서 해당 환자를 돌보는 의료진을 보호하기 위해서 중요한 것 중 하나가 병실의 환기이다. 병실의 환기 횟수는 시간당 12회(12 ACH)가 권고되나 오래전에 건설된 시설의 경우에는 이를 확보하기 어렵기 때문에 시간당 6회(6 ACH) 이상으로 권고된다[4]. 미국 Centers for Disease Control and Prevention (CDC) 자료에 의하면 12 ACH의 환기가 되는 병실의 경우 공기 중에 오염된 결핵균과 같은 감염성 미생물의 99.9%를 제거하는데 소요되는 시간이 35분이며, 6 ACH인 경우에는 69분이 소요된다[5]. 배기는 외부로 직접 배출되도록 하고 인접한 공간에서 혹시라도 있을 감염을 막기 위해서 건물의 옥상으로 올려서 배출되게 한다. 공기주의에서 담당 의료진을 보호하는 가장 중요한 수단은 개인 보호구로서 일반 마스크가 아닌 N95 호흡기를 착용하여야 하는데 이 호흡기가 얼굴에 완전히 밀착되도록 착용하는 방법을 익혀야 하며 밀착도 검사(fit-testing)를 통해서 여러 제품 중에서 본인 얼굴에 가장 잘 밀착되는 제품을 선택하는 것이 바람직하다. N95 호흡기도 공기 중에 오염된 감염성 미생물의 흡입을 100% 차단해주지는 못하기 때문에 에어로졸이 생성되기 쉬운 상황이거나 많은 동작이 필요하여 N95 호흡기의 밀착도가 유지되기 어려운 경우에는 전동식 공기정화기(powered air-purifying respirator, PAPR)를 착용하도록 한다. 수두 또는 홍역과 같이 백신으로 예방할 수 있는 공기 전파 감염 환자의 경우 저항력이 없는 의료진은 진료팀에서 배제하는 것이 좋다. 적절한 음압 격리실에 격리되기 전 또는 검사 등을 위하여 격리실을 나오게 되는 환자에게는 마스크를 착용시킨다.

비말주의는 호흡기 비말을 통한 가까운 거리에서의 흡입이나 점막 접촉에 의한 감염 전파를 예방하기 위한 것으로서 원칙적으로 먼 거리에서는 감염 전파가 이루어지지 않기 때문에 공기주의에서처럼 특별한 공기 처리나 환기를 위한 시설은 필요치 않다. 1인실에 격리하는 것이 바람직하지만 여의치 않은 경우에는 같은 질환을 가진 환자와 함께 코호트 입원시킨다. 다인실에 입원시키는 경우에는 옆의 병상과 충분한 간격을 유지하고 병상 간에 커튼을 쳐서 비말 전파를 예방한다. 의료진은 환자와 긴밀한 접촉이 필요한 경우 마스크를 착용해야 하고, 환자가 병실 밖으로 나올 때에는 마스크를 착용시키도록 한다.

직접 혹은 간접적인 접촉 전파에 의한 감염 전파를 예방하기 위하여 권고되는 접촉주의는 의료기관의 시설적인 인프라와 인력 자원 그리고 표적이 되는 미생물에 의한 감염의 예후, 환자들의 면역 상태, 대상 환자의 수 등 다양한 요소에 따라서 적용하는 원칙에 변화를 줄 수 있다. 1인실 격리가 가장 바람직하지만 병실 사정이 여의치 않을 경우에는 같은 질환을 가진 환자와 함께 코호트 입원시킨다. 다인실에 입원시키는 경우에는 옆의 병상과 충분한 간격을 유지하고 병상 간에 커튼을 쳐서 접촉 전파를 차단한다. 환자의 혈액이나 체액에 노출될 우려가 있는 경우에만 일회용 가운과 장갑 등을 착용하는 표준주의와는 달리 접촉주의에서는 병실 입실 전에 가운과 장갑을 착용하여야 한다. 가운과 장갑 탈의 시에는 신체 부위에 오염되지 않도록 탈의하고 오염된 바깥 표면이 안쪽으로 말려들어가도록 탈의해서 감염성 폐기물 전용 용기에 버린다.

MRSA의 경우 보균자 수가 많아서 1인실 격리보다는 코호트 격리 및 접촉주의를 적용하는 의료기관이 대부분인데 비해서 VRE의 경우에는 아직까지 많은 의료기관에서 보균자를 1인실 격리를 통하여 보다 엄격한 접촉주의를 적용해오고 있다. 그람음성균 중에서는 최근 국내에 빠르게 확산되고 있는 카바페넴 분해효소 생성 장내세균(carbapenemase-producing Enterobactericeae, CPE) 보균자에 대해서는 1인실 격리와 엄격한 접촉주의를 적용하고 있다. 미국과는 달리 치명적인 중증 감염이 적지만 의료 관련 감염의 하나인 C. difficile 감염 경우 가능하면 1인실 격리가 바람직하지만 병실이 여의치 않은 경우 코호트 격리를 적용하는 의료기관이 많은데 철저한 접촉주의를 적용해야 하며 이 균의 포자가 알코올 소독제를 이용한 손 위생만으로는 파괴되지 않기 때문에 비누와 물을 이용한 손 위생이 필요하다는 점이 강조된다. 요양원과 같은 장기요양시설에서 전원되는 환자 중에서 옴이 뒤늦게 진단됨으로써 의료기관 내에서 의료진이나 다른 환자의 이차감염이 발생하는 경우가 있는데 옴의 경우에도 조기 진단을 통해서 신속한 격리 치료를 필요로 한다.

표준주의는 감염성 미생물 감염 혹은 보균 여부에 관계없이 의료기관내 모든 환자를 대상으로 적용되는 주의로서 의료 관련 감염 예방을 위하여 가장 기본적이고 중요한 수단으로 여겨지고 있다. 이에는 손 위생, 기침 에티켓, 환자의 혈액이나 체액에 노출될 우려가 있는 경우 일회용 가운과 장갑, 고글이나 안면보호대와 같은 적절한 개인 보호구의 착용 등의 원칙이 포함된다.

의료진의 손을 통해서 환자가 감염될 수 있다는 것과 손 위생의 중요성에 대하여 인지하게 된 것은 1800년대 중반부터였지만[6] 2000년대 초반에 이르기까지 의료기관 내에서 의료진의 손 위생 수행은 적절한 수준에 이르지 못하였으며 이는 세계적으로 공통된 처지였다. 부적절한 손 위생 수행의 원인으로는 손 위생의 중요성에 대한 의료진의 인식 부족 외에도 병동내 의료진의 손 씻기를 위한 시설 부족, 다인실 구조로 인한 손 씻기의 어려움, 헝겊 재질의 수건으로 인한 손의 재오염 등을 들 수 있다. 2000년대 중반부터 의료진의 손 위생 수행률은 크게 개선되기 시작하였는데 이는 2002년부터 새로이 적용된 손 위생 지침에 기인하며 이 지침은 눈에 보이는 오염 물질이 있는 경우에는 물과 비누를 이용하여 손을 씻되 오염 물질이 없는 경우에는 알코올 젤을 이용하여 손 위생을 시행한다는 것이다[7]. 알코올 젤을 이용한 손 위생은 소독 효과도 더 뛰어나고 휘발성이 있어 수건도 필요없으며 개수대가 주위에 없더라도 알코올 젤 소독제만 있으면 쉽게 손 위생을 할 수 있다는 장점이 있다. 알코올 손 위생을 30초간 시행하면 손 표면의 세균을 3.5 log10 감소시킨다고 보고되었으며 이는 비누와 물을 이용한 손 위생을 1분 간 시행하는 것과 비슷한 효과이다[8]. 실제로 스위스의 제네바 병원에서 수행된 Pittet 등[9]에 의한 연구에서 알코올을 이용한 손 위생 도입 후에 손 위생 수행률이 48%에서 66%로 향상되었고 이를 통하여 MRSA에 의한 원내 감염 발생률이 유의하게 감소하였음이 Lancet지에 게재되었고 이후에 손 위생 지침이 바뀌게 되었다. 국내에서도 알코올 소독제를 이용한 손 위생 도입과 많은 의료기관에서의 손 위생 증진 캠페인 등을 통하여 의료진의 손 위생 수행률은 지난 10년간 크게 향상되어 왔다. 세계보건기구에서는 다섯 가지 상황에서 손 위생을 수행하도록 권고하고 있다[7]: 1) 환자와 접촉하기 전, 2) 청결 무균적 시술 전, 3) 환자와 접촉한 후, 4) 환자의 체액 노출 위험 후, 5) 환자의 주변 환경 접촉 후.

적절한 손 위생을 위해서는 알코올 소독제 이용 시에는 20-30초, 물과 비누를 이용 시에는 40-60초 정도 손 위생을 할 것을 권하고 있으며 손바닥, 손등, 손 깍지, 손가락 등 엄지, 손톱 밑의 부위에 대해서 빠뜨리지 않고 시행하는 것을 강조하고 있다[7]. 하지만 향상된 손 위생 수행률과는 대조적으로 손 위생의 적절성 면에서는 아직 부족한 점이 많은데 이는 국내 한 의료기관의 연구에서 적절한 손 위생이 7.9%에 불과하였다는 결과에서도 알 수 있다[10]. 손 부위 중에서도 엄지와 손톱 밑 부위는 손 위생 시 소홀히 하기 쉬운 부위로 지적되어 왔다[11].

일상생활에서도 건강을 지키기 위하여 기본적으로 지켜야 하는 수칙의 하나인 기침 에티켓은 의료기관 내에서도 감염 전파를 예방하기 위하여 매우 중요하며 이는 환자를 돌보는 의료진 및 의료기관 내 모든 직원뿐 아니라 환자의 가족과 방문객도 함께 지켜야 한다. 결핵뿐 아니라 상기도 감염이나 폐렴을 유발하는 수많은 호흡기 바이러스와 같은 미생물은 기침을 통해서 에어로졸이나 비말의 형태로 공기 중에 배출되어 다른 사람을 감염시킬 수 있기 때문이다. 감염이나 미생물 보균 여부를 모르더라도 기침이나 재채기를 할 경우에는 티슈를 이용해서 입과 코를 막아야 한다. 호흡기 분비물에 닿은 손은 바로 적절한 손 위생을 실시하여야 한다. 기침 등이 지속적으로 발생할 경우 마스크를 착용하여야 한다.